A différence des fonds structurels et d’investissement (FESI) qui sont gérés par des organismes locaux, régionaux et nationaux des Etats membres, les programmes de la Commission européenne sont gérés directement par la Commission. Le fonds financent des programmes et des projets sur des divers thématiques, tels que : la recherche, la mobilité, les transports, la culture, l’entrepreneuriat, l’éducation, l’innovation, la justice, l’énergie, entre autres.